Hệ miễn dịch đóng vai trò nhận diện, tiêu diệt mầm bệnh và ghi nhớ chúng để tạo khả năng miễn dịch, ngăn ngừa tái nhiễm, thúc đẩy phục hồi các tổn thương. Tuy nhiên, ở những người mắc bệnh lupus ban đỏ hệ thống, thay vì tiêu diệt các tác nhân gây bệnh từ môi trường, hệ miễn dịch bị rối loạn do nhiều cơ chế phức tạp, lại tấn công các cơ quan lành của cơ thể và gây bệnh. Nguyên nhân gây bệnh và phương pháp tác động trúng đích để giải quyết sự "nhầm lẫn" này vẫn chưa được tìm ra.
Các phương pháp điều trị hiện nay chủ yếu tập trung vào ngăn chặn tổn thương cơ quan, hạn chế bệnh tiến triển, ngăn các đợt cấp của bệnh, giảm di chứng do bệnh và điều trị gây ra. Tùy thuộc vào thể bệnh cũng như cơ địa mỗi người bệnh, bác sĩ có phác đồ điều trị riêng gồm dùng thuốc kháng viêm corticoid, thuốc ức chế miễn dịch, liệu pháp sinh học... để kiểm soát triệu chứng và hoạt tính bệnh. Đồng thời, người bệnh có thể được chỉ định tập vật lý trị liệu để duy trì sự linh hoạt của các khớp, dinh dưỡng lành mạnh nhằm ngăn bệnh bùng phát.
