Bác sĩ thường chỉ định siêu âm tim cho trẻ sơ sinh khi phát hiện tiếng thổi tim bất thường hoặc bé có dấu hiệu như tím tái, thở nhanh, bú kém, tăng cân chậm, nghi ngờ dị tật tim bẩm sinh. Nhiều trường hợp trẻ chưa có biểu hiện rõ ràng nhưng người mẹ có bệnh mạn tính hoặc mắc một số vấn đề sức khỏe trong thai kỳ như đái tháo đường, bệnh lupus ban đỏ hệ thống, nhiễm cytomegalovirus (CMV) thì siêu âm vẫn cần thiết để đánh giá cấu trúc, chức năng tim.
Thực tế không phải mọi tiếng thổi tim đều nguy hiểm. Nhiều trẻ có tiếng thổi sinh lý do sự thích nghi của tuần hoàn sau sinh, sẽ tự hết theo thời gian. Tuy nhiên, siêu âm tim là phương pháp chính xác nhất để phân biệt tiếng thổi sinh lý với bệnh lý, từ đó bác sĩ xác định trẻ có cần theo dõi hay can thiệp sớm hay không.
