Caffeine có thể ức chế sự hấp thụ canxi và tăng bài tiết canxi. Những tác động này tương đối nhỏ đối với hầu hết mọi người, vì mỗi tách cà phê khiến một người khỏe mạnh "mất" 2-3 mg canxi. Tuy nhiên, đối với những người có bệnh lý nền, tốt hơn là nên uống cà phê riêng biệt với các bữa ăn chứa canxi (sữa, phô mai).
Ví dụ, sữa chua chứa nhiều men vi sinh, cà phê chứa nhiều caffeine. Khi hai chất này xâm nhập vào cơ thể cùng lúc sẽ gây ra những tác động xấu đến hệ tiêu hóa. Probiotic có thể làm giảm tác dụng của caffeine bằng cách ức chế sự hấp thụ. Ngoài ra, canxi trong sữa chua sẽ phản ứng với một số thành phần của cà phê tạo thành chất khó tiêu, ảnh hưởng đến hoạt động bình thường của hệ tiêu hóa.
