Cồn có khả năng phá vỡ màng tế bào của vi sinh vật, biến tính protein từ đó tiêu diệt vi khuẩn, virus. Do đó, cồn thường được dùng để vệ sinh tay, dụng cụ y tế, lau chùi bề mặt... Tuy nhiên, khi dùng ở vùng kín, cồn có thể gây ra kích ứng, đau rát kéo dài.
Niêm mạc vùng kín rất mỏng, chứa nhiều mạch máu và thần kinh. Cồn lại là chất kích ứng mạnh, khi tiếp xúc sẽ làm mất lớp bảo vệ tự nhiên, gây khô da, trầy xước và đau rát kéo dài. Người dùng cũng có thể nổi mẩn đỏ, sưng, phù nề khi tiếp xúc với cồn. Khi lớp niêm mạc bị tổn thương, các loại nấm, vi khuẩn, virus cũng dễ dàng xâm nhập và gây bệnh phụ khoa, nam khoa.
