Một trong những bất lợi lớn nhất của mổ lấy thai là khiến trẻ có hệ miễn dịch kém. Trên thực tế, trẻ sinh mổ có nguy cơ mắc bệnh rối loạn miễn dịch, dị ứng, chuyển hóa cũng như nhiễm trùng do virus, nhất là nhiễm trùng tiêu hóa và hô hấp cao hơn so với trẻ sinh thường. Những triệu chứng này thường xuất hiện khá dày đặc trong giai đoạn "khoảng trống miễn dịch" (từ 6 đến 36 tháng tuổi với trẻ sinh thường. Ở trẻ sinh mổ, giai đoạn này thường bắt đầu sớm và kết thúc muộn hơn).
Nhiều nghiên cứu đã chỉ ra những nguyên nhân khiến trẻ sinh mổ "thiệt thòi miễn dịch" hơn các bạn sinh thường. Đầu tiên là thiếu hụt kháng thể nền tảng. Trẻ sinh mổ (nhất là sinh mổ chủ động) bỏ lỡ quá trình chuyển dạ tự nhiên - giai đoạn tối ưu mẹ truyền kháng thể sang con, khiến nồng độ kháng thể mà trẻ sinh mổ nhận được thấp hơn tới 45% so với trẻ sinh thường, theo một nghiên cứu công bố tại Thư viện Y khoa Quốc gia Mỹ.
