Việc thu phí sẽ chính thức bắt đầu từ 15.9 theo chỉ đạo của Bộ Xây dựng. Hình thức thu phí là tự động không dừng (ETC) đồng bộ với hệ thống giao thông thông minh (ITS) trên toàn tuyến cao tốc Bắc - Nam.
Đoạn Cần Thơ - Hậu Giang (dài 37,65 km) có mức phí dao động tùy theo nhóm xe, tối đa khoảng 13.950 đồng (với xe nhóm 1) và 55.800 đồng (với xe nhóm 5). Trong khi đó, đoạn Hậu Giang - Cà Mau (dài 73,23 km) dự kiến mức phí tối đa khoảng 18.198 đồng (với xe nhóm 1) và 72.792 đồng (với xe nhóm 5).
