Kết quả điều tra đến nay có căn cứ xác định thông qua việc phát hành 25 mã trái phiếu "khống" của 4 pháp nhân là CTCP Tập đoàn Đầu tư An Đông, CTCP Đầu tư Quang Thuận, CTCP Đầu tư & Phát triển Sunny World và CTCP Dịch vụ - Thương mại TP HCM trong ba năm (2018, 2019, 2020), các đối tượng đã bán cho nhà đầu tư thu về tổng cộng 30.869 tỷ đồng, hiện còn dư nợ gần 30.082 tỷ đồng.
Tiền thu được từ hoạt động bán trái phiếu không sử dụng đúng mục đích phát hành trái phiếu là đầu tư vào các dự án kinh tế để sinh lời, đảm bảo nghĩa vụ hoàn trả gốc và lãi cho các trái chủ mà các đối tượng đã rút tiền và sử dụng toàn bộ số tiền huy động được từ bán trái phiếu cho các mục đích khác; dẫn đến không có đủ nguồn tiền để đảm bảo chi trả gốc và lãi đến hạn cho các trái chủ.
Theo kết luận điều tra giai đoạn II cho biết bà Trương Mỹ Lan chỉ đạo, giao Nguyễn Phương Hồng, Thành viên HĐQT, Nguyên Phó Tổng giám đốc Ngân hàng SCB trực tiếp điều hành, quản lý và theo dõi việc sử dụng tiền chi cho nhiều mục đích hoạt động của tập đoàn và cá nhân.
Trong đó, các mục đích chi chiếm tỷ trọng lớn là: Chuyển cho các tổ chức tín dụng (Techcombank, Agribank, LienVietPostBank, SHB, MSB...) để tất toán các khoản vay của các cá nhân, tổ chức thuộc tập đoàn; Trả nợ vay mượn các cá nhân, trả lãi trái phiếu đến hạn, chăm sóc khách hàng, chi tất toán các thẻ tín dụng của người nhà, rút tiền mặt sử dụng,...
Kết quả rà soát xác định từ tháng 9/2018 đến tháng 3/2020, việc sử dụng của 30.869 tỷ đồng thu được từ việc bán trái phiếu nêu trên bị trộn lẫn với nhiều khoản tiền khác (từ nguồn vay Ngân hàng SCB, các ngân hàng khác, vay, mượn cắc cá nhân, tổ chức...); tạo thành nguồn tiền trên 61.750 tỷ đồng.
Trong đó, bóc tách được trên 11.171 tỷ đồng có riêng từ nguồn tiền bán trái phiếu, còn lại trên 50.579 tỷ đồng là dòng tiền trộn lẫn, không thể bóc tách rõ giữa nguồn trái phiếu với các nguồn khác (lẫn từ nguồn vay Ngân hàng SCB, các ngân hàng khác, vay, mượn các cá nhân, tố chức...).
Theo lời khai của bà Trương Mỹ Lan, năm 2018, bà được bà Nguyễn Phương Hồng báo cáo Ngân hàng SCB phải chịu áp lực trả lãi cho dân, trả nợ nhiều khoản tài chính còn tồn tại từ khoản nợ 133.000 tỷ khi hợp nhất ba ngân hàng để lại từ năm 2012.
Mặt khác, năm 2017, Cơ quan Thanh tra Giám sát ngân hàng, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam đã thanh tra Ngân hàng SCB, kết quả thanh tra đã đưa Ngân hàng SCB từ một ngân hàng cần được hỗ trợ để tái cơ cấu thành một ngân hàng hoạt động bình thường, bị hạn chế về hạn mức tín dụng và nhiều hoạt động khác, dẫn đến hoạt động của Ngân hàng SCB lâm vào bế tắc.
Do đó, bà Nguyễn Phương Hồng có nhiều lần đề xuất bà Lan cho sử dụng Công ty An Đông và các công ty khác thuộc Tập đoàn Vạn Thịnh Phát phát hành trái phiếu để có nguồn xử lý các khoản nợ, giúp đỡ Ngân hàng SCB vượt qua giai đoạn khó khăn.
Bà Lan xác nhận việc này cũng có sự báo cáo, xác nhận và đề xuất của ông Võ Tấn Hoàng Văn, Nguyên Tổng Giám đốc Ngân hàng SCB.
Bà Lan đã đồng ý chủ trương cho sử dụng Công ty An Đông để phát hành trái phiếu, ban đầu bà Hồng đề xuất phát hành khoản trái phiếu Công ty An Đông từ 10.000 tỷ đồng đến 15.000 tỷ đồng, nhưng sau đó, do tình hình thực tế phát sinh nhiều áp lực tài chính nên đã phát hành trái phiếu Công ty An Đông lên tới 25.000 tỷ đồng và cùng nhiều công ty khác như Sunny World, Quang Thuận, Setra.
Quá trình làm việc với Cơ quan điều tra, bà Trương Mỹ Lan đã thừa nhận việc ra chủ trương phát hành trái phiêu của các công ty thuộc tập đoàn là trái quy định pháp luật, vì không dùng tiền phát hành trái phiếu vào việc đầu tư, sản xuất kinh doanh, tạo nguồn thu thực tế để đảm bảo cho việc trả nợ trái phiếu mà dùng để xử Lý các khoản tài chính cho Ngân hàng SCB dẫn đến không có khả năng chi trả.
Bà Trương Mỹ Lan xin chịu trách nhiệm về sai phạm của mình và việc trả nợ trái phiếu cho các trái chủ bằng hình thức: Sử dụng toàn bộ tiền, tài sản của Lan đã bị kê biên, phong tỏa, ngăn chặn, thu giữ và toàn bộ các khoản tiền, tài sản mà TAND TP Hồ Chí Minh đã tuyên các cá nhân/tổ chức phải trả lại hoặc bồi thường cho bà Lan để ưu tiên thanh toán nợ và lãi trái phiếu cho các trái chủ.
Ngoài ra, bà Lan mong muốn những cá nhân/tố chức có liên quan đến việc sử dụng tiền huy động được từ trái phiếu của các công ty này cũng phải cùng có trách nhiệm để đảm bảo việc trả hết nợ và lãi trái phiếu cho người dân.
Đối với các bị can khác trong vụ án là người nhà, nhân viên dưới quyền đã tham gia vào việc tạo lập, phát hành trái phiếu (lập, ký các hồ sơ, thủ tục, hợp đồng, chứng từ, đi dòng tiền khống,...), bà Lan xác định họ không được biết về mục đích phát hành trái phiếu, không được bà bàn bạc, trao đổi, không được sử dụng tiền từ phát hành trái phiếu mà chỉ được biết về việc bà Lan đồng ý cho phát hành trái phiếu, tin tưởng và chấp hành thực hiện các công việc theo chức danh hiện tại của mình.