Vi khuẩn não mô cầu thường trú ở vùng hầu họng của người bệnh và cả người khỏe mạnh, còn gọi là người lành mang trùng. Trong cộng đồng, có khoảng 10-20% tỷ lệ người lành mang trùng và có thể tăng lên 40-50% trong các vụ dịch. Không phải tất cả trường hợp mang trùng đều phát bệnh nhưng đây là các trường hợp nguy cơ có thể phát tán mầm bệnh và mắc bệnh cao hơn. Vi khuẩn ở sẵn vùng hầu họng có thể nhân cơ hội tấn công khi hệ miễn dịch suy giảm, có tổn thương niêm mạc do viêm đường hô hấp.
Người tiếp xúc gần với bệnh nhân được xác định gồm: người sống chung, làm việc cùng phòng; người trực tiếp chăm sóc hoặc có tiếp xúc thân mật; trẻ học cùng trường mầm non, nhà trẻ, lớp học, nhóm... Thời gian tiếp xúc trong khoảng 7 ngày trước khi bệnh khởi phát đến 24 giờ sau khi bệnh nhân dùng kháng sinh đặc hiệu.
