Theo kết luận, các nội dung công dân tố cáo tập trung vào ba nhóm vấn đề, gồm: Dấu hiệu vi phạm pháp luật liên quan đến thực hiện quy trình đấu thầu, trong đó có gói thầu chi trả chế độ bồi dưỡng độc hại bằng hiện vật, gói thầu may đo quần áo cho nhân viên Bệnh viện E năm 2023 và việc chỉ định đơn vị cung cấp suất ăn cho cán bộ, viên chức, người lao động không qua đấu thầu từ năm 2023 đến nay; sai phạm trong tổ chức các khóa thực hành K1 và K2; sai phạm trong quản lý, sử dụng con dấu của Bệnh viện.
Trên cơ sở kết quả xác minh, tài liệu, chứng cứ do người tố cáo cung cấp, giải trình của người bị tố cáo, các tổ chức, cá nhân liên quan cùng hồ sơ, tài liệu của Bệnh viện E, chứng cứ thu thập và các văn bản quy phạm pháp luật, Thanh tra Bộ Y tế đã đánh giá cụ thể từng vấn đề và kết luận.
