Tài khoản VNeID có hai lớp bảo vệ. Lớp thứ nhất là mật khẩu đăng nhập, dùng để vào ứng dụng. Mật khẩu này phải đổi định kỳ 6 tháng một lần. Lớp thứ hai là passcode, chuỗi 6 chữ số từ 0 đến 9 do người dùng tự thiết lập khi kích hoạt tài khoản định danh điện tử.
Sau khi đăng nhập, ứng dụng hỏi passcode khi người dùng mở Ví giấy tờ để xem thẻ căn cước, giấy phép lái xe, khi làm thủ tục hành chính hoặc khi thay đổi thiết lập. Passcode không phải đổi định kỳ như mật khẩu. Vì vậy, người ít dùng VNeID rất dễ quên mã này đúng lúc cần xuất trình giấy tờ.

