Suốt hơn 1.500 năm lịch sử, Huyền Không Tự hứng chịu nhiều gió bão, động đất. Đặc biệt trong 40 năm qua đã xảy ra hai trận động đất từ cấp 6 trở lên, một trận thậm chí còn khiến 1/3 tòa nhà ở huyện Hỗn Nguyên gần đó sụp đổ, nhưng ngôi chùa vẫn lừng lững trên vách núi.