Theo ThS.BS Nguyễn Văn Tiến, Viện Dinh dưỡng Quốc gia, bánh chưng bị mốc chủ yếu do nấm mốc trong không khí bám vào lá gói rồi phát triển dần từ ngoài vào trong. Vì vậy, khâu chuẩn bị nguyên liệu và bảo quản sau luộc quyết định lớn đến chất lượng bánh.
Lá dong phải được rửa kỹ nhiều lần, dựng cho ráo nước ở nơi khô thoáng, tránh gió lùa mang theo bào tử nấm. Gạo nếp chỉ nên vo sạch, để ráo, không ngâm quá lâu vì dễ lên men khiến bánh chua. Trước khi gói, cần vẩy thật khô nước, trộn chút muối để tăng độ đậm và hạn chế vi sinh vật phát triển. Nhân đậu, thịt phải đảm bảo tươi, sạch, không có dấu hiệu ôi thiu.
