Kết luận nêu rõ, Thủ tướng ghi nhận, đánh giá cao kết quả và nỗ lực của Bộ Giao thông vận tải, UBND thành phố Hà Nội và TPHCM cùng các cơ quan, đơn vị liên quan.
Thủ tướng yêu cầu các cơ quan tiếp tục hoàn thiện hồ sơ Đề án. Trong đó, về mục tiêu Đề án, Thủ tướng lưu ý thực hiện kết luận của Trung ương về xây dựng kết cấu hạ tầng đồng bộ nhằm đưa nước ta cơ bản trở thành nước công nghiệp theo hướng hiện đại.
Cụ thể: "Hoàn chỉnh mạng lưới đường (có tính kết nối với vùng Thủ Đô) và TPHCM vào năm 2035", tiếp tục triển khai đầu tư các tuyến đường sắt đô thị, tàu điện ngầm có quy mô vận tải lớn tại Hà Nội, TPHCM và một số thành phố lớn khác.
Về quan điểm, Thủ tướng lưu ý, Đề án phải thể hiện được tư duy hiện đại, tầm nhìn chiến lược với cách nghĩ và cách làm mới; quy hoạch mạng lưới đường sắt đô thị của hai thành phố phải có tầm nhìn chiến lược, bảo đảm tính đồng bộ với quy hoạch tổng thể đường sắt quốc gia.
Cùng với đó, Đề án cần đa dạng hóa hình thức huy động vốn theo hướng linh hoạt, hiệu quả, phù hợp với thực tế triển khai dự án và đa dạng hóa các nguồn lực. Đối với công nghệ và phương thức quản trị dự án, phải “hiện đại, thông minh và hiệu quả”.
Về nguyên tắc, kết luận nêu rõ, dự án phải được nghiên cứu kỹ, triển khai nhanh, hiệu quả; phân cấp, phân quyền mạnh, đi đôi với tăng cường kiểm tra, giám sát khâu thực hiện; công tác đào tạo, phát triển nguồn nhân lực thực hiện ngay tại các cơ sở đào tạo trong nước đáp ứng đủ điều kiện yêu cầu, có thuê chuyên gia, tư vấn nước ngoài.
Về kiến nghị Bộ Chính trị , kết luận nêu rõ một số nội dung quan trọng, gồm: Đồng ý chủ trương triển khai Đề án; đồng ý chủ trương có các cơ chế đặc thù, đặc biệt về chỉ định thầu tư vấn, giám sát và lựa chọn các nhà đầu tư, huy động nguồn lực; giao Ban cán sự đảng Chính phủ làm việc với Đảng đoàn Quốc hội thống nhất cơ chế chính sách đặc thù cho Đề án trước khi trình Quốc hội theo quy định; đồng ý chủ trương tăng trần nợ công lên khoảng 80% GDP và bội chi ngân sách ở mức phù hợp…
Về chủ đầu tư, UBND thành phố Hà Nội và TPHCM được đề xuất kiến nghị giao làm chủ đầu tư các dự án trên địa bàn, được sử dụng ngân sách địa phương thực hiện công tác chuẩn bị đầu tư theo quy định.
Thủ tướng Chính phủ giao Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà trực tiếp chỉ đạo việc hoàn thiện và thực hiện Đề án; các bộ, ngành, địa phương liên quan chủ động phối hợp tích cực với Bộ Giao thông vận tải trong quá trình hoàn thiện, trình Bộ Chính trị cho ý kiến và tổ chức thực hiện Đề án.