Trong quá trình xây dựng, dự án nút giao An Phú còn gặp một số khó khăn về mặt bằng. Đáng kể là khu vực đầu tuyến Lương Định Của, nơi có hơn 22.000 m² đất chưa được giải phóng. Hiện tại, dự án đang được các đơn vị thi công tập trung đẩy tiến độ, làm theo kiểu cuốn chiếu, vừa tổ chức giao thông vừa xây dựng.