Theo quy hoạch Cảng hàng không Côn Đảo được phê duyệt đến năm 2030, cần thiết phải triển khai đồng bộ 4 nhóm dự án thành phần gồm: Đường cất hạ cánh, đường lăn (do Cục Hàng không Việt Nam làm chủ đầu tư); các công trình quản lý bay (do Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam - VATM đầu tư); sân đỗ, nhà ga hành khách và hạ tầng dùng chung (do Tổng công ty Cảng Hàng không Việt Nam - ACV đầu tư) và kho xăng dầu hàng không triển khai thực hiện theo hình thức lựa chọn nhà đầu tư theo quy định của pháp luật.
Tuy nhiên, giai đoạn 2021 - 2025, ACV chưa có kế hoạch đầu tư hạng mục xây dựng nhà ga hành khách, sân đỗ máy bay và hạ tầng kỹ thuật dùng chung tại sân bay Côn Đảo. Nếu ACV không triển khai đầu tư sân đỗ theo quy hoạch trong giai đoạn 2022-2024 sẽ ảnh hưởng đến việc triển khai tổng thể các dự án phát triển đồng bộ Cảng hàng không Côn Đảo nói chung vì sân đỗ hiện hữu không đủ sức chịu tải để khai thác các loại tàu bay lớn và khó đảm bảo tính khả thi, hiệu quả đầu tư.
Trước tình hình đó, theo TTXVN, Cục Hàng không Việt Nam đã trình Bộ Giao thông Vận tải 3 phương án đầu tư nâng cấp sân bay Côn Đảo.
Phương án thứ nhất là ACV đầu tư các hạng mục công trình xây dựng sân đỗ, nhà ga hành khách, hạ tầng kết nối đồng bộ theo quy hoạch đã được phê duyệt trong giai đoạn 2022-2025. Cục Hàng không Việt Nam đầu tư dự án đầu tư nâng cấp đường cất hạ cánh, đường lăn. VATM triển khai đầu tư hệ thống bảo đảm hoạt động bay. Các công trình cung cấp dịch vụ hàng không như kho xăng dầu hàng không Bộ Giao thông Vận tải kêu gọi đầu tư. Đây là phương án này được Cục Hàng không đánh giá có thời gian thực hiện tối ưu nhất.
Trong trường hợp ACV không đầu tư các hạng mục công trình trên trong giai đoạn 2021-2025 sẽ triển khai phương án 2: Thực hiện xã hội hoá toàn cảng hàng không. Theo phương án này, Bộ GTVT báo cáo Thủ tướng phê duyệt đề án xã hội hóa kết cấu hạ tầng cảng hàng không để làm cơ sở triển khai. Tuy nhiên, phương án này có nhược điểm như thời gian thực hiện dự án theo phương án này sẽ kéo rất dài do phải thực hiện thủ tục xử lý tài sản công, trình và duyệt đề án xã hội hóa, lựa chọn nhà đầu tư theo PPP... dẫn đến không đồng bộ với thời gian thực hiện dự án xây dựng đường cất hạ cánh, đường lăn của Cục Hàng không.
Phương án thứ 3 là đề xuất xã hội hoá hạng mục nhà ga hành khách và sân đỗ tàu bay theo quy hoạch. Với phương án này, theo nhận định từ Cục Hàng không, tính khả thi của dự án PPP cao khi nhà đầu tư được quản lý, khai thác hạng mục công trình có hiệu quả đầu tư cao là nhà ga hành khách nhưng cũng có nhược điểm tương tự phương án 2.
Trên cơ sở phân tích các phương án, Cục Hàng không kiến nghị lựa chọn phương án 1 đồng thời đề nghị Bộ Giao thông Vận tải sớm phê duyệt kế hoạch đầu tư của ACV giai đoạn 2021-2025, đồng thời đề nghị điều chỉnh lùi kế hoạch khởi công dự án xây dựng đường cất hạ cánh, đường lăn tại sân bay Côn Đảo. Dự kiến, năm 2022 sẽ thực hiện công tác chuẩn bị đầu tư, năm 2023 sẽ tiến hành lựa chọn nhà thầu thi công và hoàn thành dự án đầu tư đường cất hạ cánh, đường lăn sân bay Côn Đảo trong năm 2024.