Virus Nipah bùng phát lần đầu vào năm 1999 tại Malaysia và Singapore. Sau đó, tiếp tục xuất hiện tại Nam Á và Philippines, cho đến nay, các đợt bùng phát chủ yếu ở khu vực Nam và Đông Nam Á.
Rất khó phát hiện sớm một người bị nhiễm virus Nipah vì các triệu chứng ban đầu thường không đặc hiệu. Theo Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh (CDC) Mỹ, thời gian ủ bệnh thường từ 4 đến 21 ngày.
