Tuy nhiên, đằng sau bức tranh tăng trưởng ấn tượng đó vẫn tồn tại một nghịch lý mang tính cấu trúc: giá trị gia tăng nội địa trên mỗi du khách còn thấp, chi tiêu bình quân chỉ khoảng 900–1.000 USD/khách, thấp hơn đáng kể so với Thái Lan (khoảng 1.600 USD) hay Singapore (gần 1.900 USD).
Một trong những nguyên nhân quan trọng nhưng ít được nhìn nhận đầy đủ nằm ở "cửa ngõ hàng không". Tại nhiều thị trường xa – đặc biệt là Nga, Trung Á và một phần Đông Bắc Á – ước tính từ 60 đến 75% năng lực vận chuyển khách vào Việt Nam do các hãng hàng không nước ngoài kiểm soát, chủ yếu thông qua các chương trình charter theo mùa. Điều này khiến chuỗi giá trị du lịch Việt Nam bị phân mảnh, giá vé biến động mạnh, lịch bay thiếu ổn định và lợi ích kinh tế bị "rò rỉ" ra ngoài.
