Ngô Á Quân sinh năm 1964 tại quận Hợp Xuyên, thành phố Trùng Khánh, trong một gia đình khiêm tốn. Cha Ngô Á Quân làm việc tại hợp tác xã và mẹ là thợ may. Dù điều kiện gia đình hạn chế nhưng họ vẫn cố gắng hết mình để bà được học hành tử tế.
Với niềm đam mê học tập, đặc biệt là khoa học tự nhiên, bà lựa chọn theo học ngành kỹ thuật tại Đại học Công nghiệp Tây Bắc. Đây là một quyết định táo bạo và đi trước thời đại đối với một phụ nữ vào thời điểm đó. Sau khi tốt nghiệp, bà làm kỹ sư tại Nhà máy Thiết bị Tiền vệ ở Trùng Khánh với mức lương khởi điểm là 100 NDT/tháng.
