Theo quyết định phân công công tác của Bộ trưởng Bộ Y tế hồi tháng 10/2025, Thứ trưởng Trần Văn Thuấn được giao trực tiếp chỉ đạo các lĩnh vực khám bệnh, chữa bệnh; phục hồi chức năng; giám định y khoa, giám định pháp y, pháp y tâm thần; an toàn truyền máu; ứng dụng, phát triển kỹ thuật mới trong khám chữa bệnh; hiến, lấy và ghép mô, bộ phận cơ thể người.
Ông đồng thời được phân công phụ trách công tác bảo vệ, chăm sóc sức khỏe cán bộ Trung ương; hoạt động y tế phục vụ các hội nghị lớn của Đảng và Nhà nước; hợp tác quốc tế về y tế; chỉ đạo hoạt động của Hội đồng Y khoa Quốc gia và phối hợp với Trung ương Hội Chữ thập đỏ Việt Nam.
