Sở Xây dựng TP.HCM được giao làm đầu mối tham mưu, phối hợp Bộ Xây dựng và các đơn vị liên quan lập phương án, xác định lộ trình di dời toàn bộ các cảng biển còn lại trong khu vực nội đô. Mục tiêu cốt lõi là kéo giảm tình trạng ùn tắc giao thông nghiêm trọng tại các trục đường cửa ngõ, giảm thiểu ô nhiễm môi trường và hiện thực hóa chiến lược phát triển đô thị bền vững.
Thực tế, từ những năm 2005, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định 791 phê duyệt quy hoạch chi tiết nhóm cảng biển Đông Nam bộ, đặt ra chủ trương di dời các cảng trên sông Sài Gòn và sông Nhà Bè ra khỏi khu vực trung tâm. Kế hoạch di dời hệ thống cảng biển nội đô của TP.HCM đã chính thức bắt đầu từ Quyết định 1589 năm 2008. Lộ trình này bao gồm một số mục quan trọng như di dời các cảng sông Sài Gòn, chuyển đổi các cảng lớn ở khu vực nội thành như Cảng Nhà Rồng - Khánh Hội, Cảng Tân Thuận hay Cảng Ba Son ra khỏi trung tâm. Quỹ đất ven sông sau khi di dời cảng được định hướng chuyển đổi sang làm công viên, không gian công cộng, thương mại - dịch vụ và phát triển hạ tầng giao thông (như khu vực Nhà Rồng - Khánh Hội gắn liền với Bảo tàng Hồ Chí Minh hay việc xây cầu Thủ Thiêm 4).
