Thường hầm cầu có 3 ngăn: ngăn chứa, ngăn lắng và ngăn lọc. Tại ngăn chứa, các chất thải sẽ lên men yếm khí bởi các vi sinh vật. Phần cặn của quá trình lên men sẽ lắng xuống đáy ngăn.
Khí sinh ra trong quá trình lên men gồm chủ yếu khí metan (CH4), ammoniac (NH3), cacbonic (CO2), hidro sunfua (H2S), lưu huỳnh đi-ô-xit (SO2)… sẽ được thoát ra ngoài trời theo ống thông hơi.
Phần lỏng sẽ theo một ống thông chảy qua ngăn lắng và những phần cặn chưa kịp lắng ở ngăn chứa sẽ lắng xuống ở ngăn này.
Phần nước trong bên trên sẽ chảy ra ngăn thứ ba - ngăn lọc và chảy vào cống xả hoặc cho ngấm vào đất.
Nếu lắp đặt ống thông hơi không đúng hoặc ống bị nghẹt, việc tích tụ khí trong quá trình phân hủy chất thải hữu cơ sẽ làm tăng áp suất trong hầm cầu, có thể gây nổ.
Hoặc khi các khí này xì qua các khe nứt của hầm cầu mà gặp tia lửa sẽ cháy và gây nổ hầm cầu.
Để đảm bảo an toàn, cần tránh sự rò rỉ khí từ hầm cầu vào toilet. Muốn thực hiện được việc này, cần có ống thông khí để cân bằng áp suất giữa bên trong và bên ngoài.
Ống thông khí đóng vai trò quyết định trong việc loại bỏ áp suất khí sinh ra từ bên trong của hầm cầu. Do vậy, phải lưu ý trong việc thiết kế và lắp đặt ống thông khí cho hầm cầu.
Đường kính ống thông khí không dưới 60mm, dẫn lên cao trên mái nhà ít nhất 0,7m để tránh mùi và khí độc hại. Ống thông khí không được đặt ngập trong chất lỏng (có như vậy mới có vai trò thông khí với bên ngoài).
Cần tránh xây dựng hầm cầu ở những nơi hay ngập lụt. Vì nước từ môi trường bên ngoài có thể chảy vào trong bồn cầu, làm ngập luôn ống thông khí, dẫn đến tạo áp trong hầm cầu.
Bên cạnh đó, cần lưu ý việc làm kín mối nối tiếp xúc giữa bồn cầu và đường ống thoát chất thải, tránh hiện tượng rò rỉ khí qua mối nối này.