Theo nghị định, Bộ Y tế là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về các lĩnh vực: Y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng; giám định y khoa, pháp y, pháp y tâm thần.
Bộ cũng quản lý lĩnh vực bà mẹ, trẻ em; dân số; phòng, chống tệ nạn xã hội (trừ nhiệm vụ cai nghiện ma túy và quản lý sau cai nghiện ma túy); bảo trợ xã hội; y, dược cổ truyền; dược, mỹ phẩm; an toàn thực phẩm; thiết bị y tế; bảo hiểm y tế và quản lý nhà nước các dịch vụ công trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý.
Trụ sở Bộ Y tế.
Sau hợp nhất, Bộ Y tế còn 20 đơn vị, bao gồm:
1. Vụ Bảo hiểm y tế.
2. Vụ Tổ chức cán bộ.
3. Vụ Kế hoạch - Tài chính.
4. Vụ Pháp chế.
5. Vụ Hợp tác quốc tế.
6. Văn phòng bộ.
7. Thanh tra bộ.
8. Cục Quản lý Khám, chữa bệnh.
9. Cục Quản lý Y, Dược cổ truyền.
10. Cục Quản lý Dược.
11. Cục An toàn thực phẩm.
12. Cục Hạ tầng và Thiết bị y tế.
13. Cục Khoa học công nghệ và Đào tạo.
14. Cục Dân số.
15. Cục Phòng bệnh.
16. Cục Bà mẹ và Trẻ em.
17. Cục Bảo trợ xã hội.
18. Viện Chiến lược và Chính sách y tế.
19. Trung tâm Thông tin y tế Quốc gia.
20. Báo Sức khỏe và Đời sống.
Trong đó, 17 tổ chức hành chính có nhiệm vụ giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước (5 vụ; Văn phòng Bộ; Thanh tra Bộ; 10 cục) và 3 đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý Nhà nước của Bộ Y tế. (Viện Chiến lược và Chính sách y tế; Trung tâm Thông tin y tế Quốc gia; Báo Sức khỏe và Đời sống).
Trước đó, cơ cấu tổ chức của Bộ Y tế có 21 đơn vị gồm: 18 tổ chức hành chính giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý Nhà nước (6 vụ, văn phòng bộ, thanh tra bộ, 10 cục) và 3 đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của bộ (Viện Chiến lược và Chính sách y tế, Trung tâm Thông tin y tế quốc gia, Báo Sức khỏe và Đời sống).
Theo cơ cấu tổ chức mới của Bộ Y tế không còn Vụ Sức khỏe bà mẹ - trẻ em; Cục Phòng, chống HIV/AIDS; Cục Y tế dự phòng; Cục Quản lý môi trường Y tế. Bộ Y tế có 3 cục mới là Cục Phòng bệnh; Cục Bà mẹ và trẻ em; Cục Bảo trợ xã hội.
