Trong vụ án xảy ra tại Công ty Xuyên Việt Oil, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đề nghị truy tố 3 bị can tại Bộ Công Thương, gồm cựu thứ trưởng Đỗ Thắng Hải, cựu vụ trưởng Vụ Thị trường trong nước Trần Duy Đông và cựu phó vụ trưởng Vụ Thị trường trong nước Hoàng Anh Tuấn cùng về tội Nhận hối lộ.
Kết luận điều tra cáo buộc Mai Thị Hồng Hạnh, Chủ tịch HĐQT kiêm Giám đốc Công ty Xuyên Việt Oil, đã đưa hối lộ tổng số tiền cho 3 bị can là 365.000 USD. Trong khi đó, bị can Hải bị cáo buộc nhận hối lộ 50.000 USD, Đông nhận hối lộ 250.000 USD nhưng chiếm hưởng 120.000 USD và Tuấn nhận hối lộ 265.000 USD nhưng chiếm hưởng 145.000 USD.
Theo kết luận điều tra, tháng 6-2021, một giấy phép hoạt động của Xuyên Việt Oil chuẩn bị hết hạn và không đủ điều kiện để được cấp lại. Do đó, Hạnh đã bàn bạc, chỉ đạo Nguyễn Văn Thắng (Phó Giám đốc Xuyên Việt Oil chi nhánh Hà Nội) liên hệ, kết nối để hối lộ cho cán bộ, lãnh đạo Vụ Thị trường trong nước và Bộ Công Thương. Cùng với đó, Hạnh cũng được bị can Đỗ Thắng Hải giới thiệu cho Hoàng Anh Tuấn.
Bị can Đỗ Thắng Hải cũng điện thoại cho Hoàng Anh Tuấn chỉ đạo sớm xem xét, giải quyết cho Xuyên Việt Oil về hồ sơ xin cấp lại giấy phép. Sau đó, Tuấn báo cáo với Trần Duy Đông và thống nhất tạo điều kiện giúp doanh nghiệp của Mai Thị Hồng Hạnh, theo chỉ đạo của ông Hải.
Ngày 17-6-2021, Hạnh chỉ đạo Đồng Xuân Dũng (lái xe của Hạnh) đưa 10.000 USD cho Nguyễn Văn Thắng để Thắng làm "quà" cho Hoàng Anh Tuấn. Tuy nhiên, kết luận điều tra chỉ ra, Thắng chỉ đưa cho Tuấn 5.000 USD, còn lại, Thắng đưa vào quỹ công ty tại chi nhánh Hà Nội.
Ngày 24-6-2021, Nguyễn Văn Thắng nộp hồ sơ xin cấp phép tại Bộ Công Thương. Kết quả trả về của Bộ Công Thương là chưa chấp thuận do chưa đáp ứng một số điều kiện. Nhận được thông báo, Mai Thị Hồng Hạnh liên lạc với Hoàng Anh Tuấn và được Tuấn tư vấn, hướng dẫn hoàn thiện và hợp thức hóa các điều kiện chưa đạt yêu cầu.
Ngày 30-9-2021, Hạnh liên hệ Nguyễn Như Nguyện, Chủ tịch Công ty cổ phần Thương mại Anh Quang Hà Trung, nhờ mua 300.000 USD để đi hối lộ. Số tiền trên sau đó được bàn giao cho Đồng Xuân Dũng, rồi Dũng đưa cho Thắng.
Tại khu vực làm việc của Vụ Thị trường trong nước ở tầng 6 trụ sở Bộ Công Thương (số 23 Ngô Quyền, quận Hoàn Kiếm, Hà Nội), Nguyễn Văn Thắng kiểm tra túi tiền có 300.000 USD và lấy ra 50.000 USD bỏ vào túi xách cá nhân. Sau khi được Hoàng Anh Tuấn dẫn vào phòng làm việc của Trần Duy Đông, Thắng nói: "Do dịch COVID-19 nên chị Hạnh không ra được Hà Nội, chị Hạnh có gửi quà cho các anh", rồi để túi đựng tiền gần sát bên chỗ ngồi của Đông trên ghế sofa. Khi Thắng về, Tuấn và Đông phân chia số tiền 250.000 thành 2 phần, cựu vụ trưởng giữ 120.000 USD và cựu vụ phó lấy 130.000 USD.
Tháng 11-2021, Hoàng Anh Tuấn dẫn đầu đoàn kiểm tra của Bộ Công Thương đi kiểm tra điều kiện cấp Giấy phép kinh doanh xăng dầu của Xuyên Việt Oil. Việc kiểm tra này, theo kết luận điều tra, chỉ là "hình thức", bởi Đoàn chỉ kiểm tra tượng trưng một cây xăng của Xuyên Việt Oil. Đổi lại, Hoàng Anh Tuấn được Thắng đưa 10.000 USD theo chỉ đạo của Hạnh.
Ngoài ra, trong lần kiểm tra này, Tuấn đã phát hiện Xuyên Việt Oil không thực hiện việc trích lập Quỹ bình ổn giá xăng dầu (Quỹ BOG) theo quy định. Tuy nhiên, do đã nhiều lần nhận hối lộ, Tuấn đã bỏ qua, không xem xét hay đề xuất xử lý, chấn chỉnh.
Ngày 19-11-2021, ông Đỗ Thắng Hải ký ban hành giấy phép cho Xuyên Việt Oil, có giá trị trong 5 năm. Sau khi được cấp phép, ngày 22-12-2021, Hạnh cùng 3 người khác của Xuyên Việt Oil đến Bộ Công Thương và đưa túi quà cảm ơn cho cựu Thứ trưởng, bên trong đựng 50.000 USD.