Theo kết luận điều tra vụ án tại cơ sở 2 Bệnh viện Bạch Mai và cơ sở 2 Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức, cơ quan điều tra xác định tồn tại cơ chế “lại quả” 5% giá trị tạm ứng, thanh toán trước thuế đối với các gói thầu xây lắp. Từ cơ chế này hình thành dòng tiền hàng chục tỷ đồng, được thu và phân bổ qua nhiều cấp quản lý.
Một trong những điểm đáng chú ý nhất của hồ sơ vụ án là sự chênh lệch lớn giữa lời khai của cấp dưới và lời thừa nhận của cựu Bộ trưởng Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến về số tiền đã nhận.
