Khi dự án đi vào vận hành, toàn bộ nước thải của dân cư dọc hai bên kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè trải dài qua các Quận 1, 3, Bình Thạnh, Phú Nhuận, Tân Bình và Quận 2 cũ sẽ được gom về nhà máy xử lý nước thải Nhiêu Lộc - Thị Nghè thông qua hệ thống cống bao dài khoảng 17 km.