Trong khuôn viên Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Trung ương có một hệ thống bảo tàng đặc biệt, lưu giữ hàng nghìn mẫu vật sống động, phản ánh thế giới vi mô của bệnh tật. Đây không chỉ là cơ sở phục vụ nghiên cứu khoa học, mà còn cung cấp bằng chứng trực quan về những nguy cơ ký sinh trùng và côn trùng y học đối với sức khỏe cộng đồng.
Hiện Bảo tàng Côn trùng Y học lưu giữ hơn 42.000 mẫu vật chủ và côn trùng, còn Bảo tàng Ký sinh trùng đang lưu giữ hơn 400 mẫu vật. Các mẫu vật được bảo quản theo quy trình khoa học nghiêm ngặt (nhiệt độ xung quanh ngưỡng 25°C, độ ẩm 50-60%) để duy trì chất lượng cho công tác đối chiếu, nghiên cứu phân loại và đào tạo cho các thế hệ y khoa.
