Trường ĐH Đông Đô có trụ sở chính tại Km25, QL6, Phú Nghĩa, Chương Mỹ (cũ), TP Hà Nội với diện tích gần 4ha, cách trung tâm Hà Nội trên 20km. Theo thông tin được đăng tải trên trang tin điện tử của trường, cơ sở này được quy hoạch đồng bộ, khang trang, sở hữu không gian rộng rãi, phù hợp cho các hoạt động đào tạo, nghiên cứu và thực hành chuyên môn. Hệ thống phòng học tại đây được trang bị đầy đủ thiết bị giảng dạy hiện đại, cùng với các phòng thực hành, thí nghiệm chuyên ngành đáp ứng nhu cầu học tập thực tiễn của sinh viên các khối ngành kĩ thuật, công nghệ, y - dược…
Tuy nhiên, theo tìm hiểu, sinh viên của trường chủ yếu học tập tại cơ sở đào tạo 60B Nguyễn Huy Tưởng (quận Thanh Xuân cũ), Hà Nội. Cơ sở chính tại quốc lộ 6 gần như không được sử dụng. Nơi đây mùa hè cho thuê bể bơi, tận dụng để làm nơi tập kết, trông giữ hàng trăm xe tải, xe bồn, xe đầu kéo và là nơi được cấp phép để thực hiện dự án đào tạo lái xe; dạy nghề sửa chữa cơ khí và vận hành công trình máy.
