Theo tờ trình, việc sửa đổi nhằm thực hiện chủ trương xóa bỏ thuế khoán được nêu tại Nghị quyết 68. Theo đó, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh căn cứ doanh thu thực tế hàng năm từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ để tự xác định thuộc đối tượng không chịu thuế, không phải nộp thuế, hoặc thuộc diện chịu và phải nộp thuế theo quy định pháp luật.
Với nhóm thuộc đối tượng phải nộp thuế, việc khai thuế, tính thuế sẽ được thực hiện theo từng kỳ tính thuế, thay cho cơ chế khoán cố định hiện nay. Chính phủ sẽ quy định chi tiết phương pháp tính thuế giá trị gia tăng, hồ sơ, thủ tục kê khai doanh thu, kê khai và nộp thuế. Bộ Tài chính ban hành chế độ kế toán áp dụng đối với hộ, cá nhân kinh doanh.
Về xử lý chậm nộp thuế, dự thảo kế thừa các quy định hiện hành nhưng bổ sung thẩm quyền cho Chính phủ được điều chỉnh mức tính tiền chậm nộp phù hợp với tình hình kinh tế - xã hội từng thời kỳ.
Ngoài ra, dự thảo bổ sung quy định hoàn thuế tự động trên cơ sở hồ sơ và cơ sở dữ liệu quản lý thuế; đồng thời sửa đổi quy định về hoàn thuế cho cá nhân đã chết, mất tích, mất năng lực hành vi dân sự. Theo đó, người thừa kế hoặc được tòa án giao quản lý tài sản được nhận phần thuế hoàn theo quy định của pháp luật dân sự.
Thẩm tra dự án luật, Ủy ban Kinh tế và Tài chính của Quốc hội lưu ý, việc chuyển từ cơ chế khoán sang kê khai doanh thu theo hóa đơn đồng nghĩa mức doanh thu kê khai sẽ cao hơn so với các mức khoán hiện nay. Như vậy, gánh nặng về thuế (giá trị gia tăng và thu nhập cá nhân) của các hộ kinh doanh sẽ thay đổi đáng kể khi các tỷ lệ thu được giữ nguyên không thay đổi.
Cơ quan thẩm tra đề nghị Bộ Tài chính bổ sung số liệu đánh giá tác động cụ thể về sự thay đổi nghĩa vụ thuế của hộ, cá nhân kinh doanh. Trường hợp sự chênh lệch giữa doanh thu kê khai và doanh thu khoán hiện tại là quá lớn, cần cân nhắc điều chỉnh lại các mức thuế suất trong các luật thuế liên quan, để đảm bảo gánh nặng thuế không tăng đột biến, phù hợp tinh thần Nghị quyết 68 và mục tiêu cải thiện đời sống người dân.
Dự thảo luật cũng bổ sung quy định về hoàn thuế, miễn giảm thuế và không thu thuế tự động do hệ thống xác định. Tuy nhiên, Ủy ban Kinh tế và Tài chính cho rằng nội dung này còn sơ lược, khái quát, chưa làm rõ cơ sở, điều kiện để xác định trường hợp nào được thực hiện tự động, trường hợp nào không; cũng như trách nhiệm của các chủ thể khi hệ thống tự động bị sai sót.
Cơ quan thẩm tra đề nghị làm rõ thêm tính khả thi, mức độ rủi ro của hệ thống, cũng như phạm vi áp dụng đại trà hay thí điểm từng bước để tránh phát sinh rủi ro không được dự kiến trước.
