Thành phố Hồ Chí Minh sở hữu mạng lưới đường thủy nội địa (sông, kênh, rạch) với tổng chiều dài khoảng 1.450km, thuộc nhóm đô thị có hệ thống đường thủy dày đặc nhất cả nước. Hệ thống bao gồm các dòng sông lớn như Sài Gòn, Đồng Nai, Nhà Bè và Lòng Tàu, tạo tiềm năng to lớn cho việc phát triển vận tải hàng hóa và du lịch đường thủy.
Thành phố còn sở hữu hệ thống cảng biển lớn nhất miền nam với cụm cảng quốc tế Cái Mép-Thị Vải đồng thời đi kèm là hệ thống bến tàu phục vụ du lịch khá phát triển như bến tàu Cầu Đá, bến tàu cao tốc Vũng Tàu-Thành phố Hồ Chí Minh (bến Bạch Đằng). Những yếu tố địa lý “cộng hưởng” này đã giúp hệ thống vận tải logistics liên vùng ngày càng phát triển bền vững.
