Khu thương mại tự do Đà Nẵng được bố trí tại các vị trí không liền kề, gồm các khu chức năng: sản xuất, logistics, thương mại - dịch vụ, công nghiệp công nghệ số, công nghệ thông tin và đổi mới sáng tạo và các loại hình khu chức năng khác.
Cụ thể, vị trí 1 rộng khoảng 100 ha, vị trí 2 khoảng 77 ha, đều nằm tại phường Hòa Hiệp Bắc, quận Liên Chiểu. Vị trí 3 khoảng 500 ha, thuộc phường Hòa Hiệp Bắc (quận Liên Chiểu) và xã Hòa Liên (huyện Hòa Vang).

