Sau ngày đầu khai trương, giờ mở tuyến từ 5h30 và đóng lúc 22h, cách 10 phút lại có một chuyến xuất phát. Sau 3 tháng, thời gian mở, đóng tuyến sẽ được điều chỉnh phù hợp với nhu cầu của hành khách.
Trong 15 ngày đầu, toàn bộ hành khách được miễn phí. Sau đó, giá vé lượt (vé chặng) đi một ga 8.000 đồng, đi cả tuyến 12.000 đồng. Vé ngày 24.000 đồng, không hạn chế số lượt; vé tháng 200.000 đồng, ưu tiên cho học sinh, sinh viên là 100.000 đồng/tháng. Mua vé tập thể được giảm còn 140.000 đồng/tháng.
Trẻ dưới 6 tuổi, người có công, người cao tuổi trên 60 tuổi, người khuyết tật được miễn phí.
Đoạn trên cao từ Nhổn đến Cầu Giấy dài 8,5 km, bao gồm 8 ga: Nhổn (S1); Minh Khai (S2); Phú Diễn (S3); Cầu Diễn (S4); Lê Đức Thọ (S5); Đại học Quốc gia (S6); Chùa Hà (S7) và Cầu Giấy (S8).
Có 36 tuyến buýt đang hoạt động để kết nối, trung chuyển hành khách, trong đó 33 tuyến trợ giá và 3 tuyến không trợ giá; hai điểm trung chuyển khách tại Cầu Giấy và Nhổn; 32 điểm dừng xe buýt (chiều Cầu Giấy - Nhổn có 16 điểm dừng, chiều Nhổn - Cầu Giấy có 16 điểm).
Metro Nhổn - ga Hà Nội có 10 đoàn tàu, vận tốc tối đa 80 km/h, vận tốc khai thác trung bình 35 km/h. Mỗi đoàn tàu gồm 4 toa, mỗi toa chở 236 hành khách, mỗi chuyến chở khoảng 950 khách. 353 lái tàu và toàn bộ nhân sự trực tiếp điều hành tuyến đã được đào tạo với sự hỗ trợ của nhà thầu và tư vấn.
Dự án đường sắt đô thị số 3, đoạn Nhổn - ga Hà Nội dài là 12,5 km, có 8 ga trên cao và 4 ga ngầm. Trong đó đoạn trên cao Nhổn - Cầu Giấy dài 8,5 km, đoạn đi ngầm Cầu Giấy - ga Hà Nội dài 4 km. Dự án khởi công năm 2009, kế hoạch hoàn thành năm 2015 nhưng phải nhiều lần lùi tiến độ.
Theo quy hoạch đến năm 2030, Thủ đô sẽ có 10 tuyến đường sắt đô thị với tổng chiều dài 417 km, trong đó đi trên cao 342 km, ngầm 75 km. Hiện chỉ có tuyến Cát Linh - Hà Đông dài 13 km vận hành thương mại sau 10 năm xây dựng. Tuyến Nhổn - ga Hà Nội chạy đoạn trên cao 8,5 km sau 15 năm khởi công, còn 4 km đi ngầm dự kiến đến 2027 hoàn thành. 8 tuyến còn lại chưa khởi công.