Theo Reuters , chặng bay giữa hai thành phố Sapporo và Tokyo được xem là tuyến hàng không bận rộn nhất của Nhật Bản. Chỉ riêng hãng hàng không Japan Airlines (JAL) khai thác đến 16 chuyến bay khứ hồi mỗi ngày trên tuyến này.
Trước thời điểm xảy ra sự cố vào tối 2/1, chuyến bay JAL516 khởi hành từ Sapporo đến sân bay Haneda, Tokyo đã được kiểm soát không lưu cho phép hạ cánh bình thường. Tuy nhiên, ngay khi hạ cánh xuống đường băng vào khoảng 17h46 tai nạn đã xảy ra. JAL516 va chạm với máy bay của Lực lượng bảo vệ bờ biển Nhật Bản.

