Trại giam Phú Quốc được xây dựng trên diện tích khoảng 400ha, nằm trên địa bàn đặc khu Phú Quốc, tỉnh An Giang.
Với gần 500 ngôi nhà, chia thành 12 khu. Trong đó, 2 khu đôi, mỗi khu có 2 phân khu; 10 khu còn lại, mỗi khu có 4 phân khu, gọi theo thứ tự A, B, C, D.
