Theo phương án được duyệt, khu đô thị mới Tân Mỹ được tổ chức thành ba khu chức năng. Trong đó, phân khu A rộng hơn 111 ha gồm các công trình dịch vụ, thương mại, giáo dục và không gian công cộng, dự kiến khoảng 14.400 cư dân.
Phân khu B có diện tích lớn nhất, hơn 641 ha, là "lõi" sinh thái của dự án. Khu vực này chủ yếu phát triển nhà ở thấp tầng như nhà liền kề, biệt thự, kết hợp công viên và hạ tầng xã hội. Quy mô dân số của phân khu này khoảng 46.000 người.
