Sau khi tỉnh Hưng Yên mới được thành lập và mô hình chính quyền địa phương 2 cấp đi vào vận hành, công tác sắp xếp, tinh gọn tổ chức bộ máy tiếp tục được triển khai trên cơ sở yêu cầu thực tiễn. Quá trình hợp nhất tỉnh và tổ chức lại các cơ quan cấp tỉnh đã giúp giảm đáng kể số lượng đầu mối.
Cụ thể, khối cơ quan Đảng giảm 5 cơ quan và 16 phòng trực thuộc. Khối cơ quan Nhà nước giảm 13 sở, ban, ngành; 90 tổ chức gồm các phòng, ban, chi cục và 41 đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc các sở, ngành. Việc sắp xếp cũng đặt ra yêu cầu đổi mới phương thức vận hành, chuyển từ quản lý đơn ngành sang quản lý đa ngành, đa lĩnh vực, đồng thời khắc phục tình trạng chồng chéo chức năng, nhiệm vụ giữa các cơ quan.
