Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) được Quốc hội thông qua ngày 26/11/2024 và có hiệu lực từ 1/7/2025. Tuy nhiên, trước những phản ánh, kiến nghị từ Bộ Nông nghiệp và Môi trường, các hiệp hội, doanh nghiệp, thừa ủy quyền của Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ký tờ trình báo cáo Quốc hội, Ủy ban Thường vụ Quốc hội xem xét sửa đổi, bổ sung một số điều của luật.
Doanh nghiệp phản ánh vướng mắc, bất cập
Theo phản ánh từ các hiệp hội ngành hàng, doanh nghiệp và Bộ Nông nghiệp và Môi trường, quy định hiện hành đang tạo áp lực tài chính với doanh nghiệp, đặc biệt ở khâu thương mại hàng nông sản.
Cụ thể, doanh nghiệp phải nộp trước 5% thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với nông sản mua bán thương mại. Số thuế GTGT thu rồi lại hoàn thuế cho những mặt hàng mà phần lớn sản lượng sản xuất ra được dành để xuất khẩu (cá da trơn, hồ tiêu, cà phê...) dẫn đến lãng phí thời gian và đọng vốn của doanh nghiệp. Trong khi đó, các tổ chức tín dụng không giải ngân phần thuế này khi cấp vốn lưu động, gây áp lực tài chính và giảm hiệu quả kinh doanh.
Các con số ước tính cho thấy mức độ ảnh hưởng của quy định này trong 6 tháng cuối năm 2025, đối với Hiệp hội Cà phê-Ca cao Việt Nam khoảng 5.000 tỷ đồng; Hiệp hội Hồ tiêu và cây gia vị khoảng 2.162 tỷ đồng và Hiệp hội Lương thực khoảng 2.016 tỷ đồng.
Bên cạnh đó, quy định hiện hành đã dẫn đến có sự phân biệt đối xử giữa nông sản, thủy sản sản xuất trong nước và nông sản, thủy sản nhập khẩu do nông sản, thủy sản nhập khẩu không chịu thuế GTGT khi nhập khẩu vào Việt Nam.
Việc thức ăn chăn nuôi thuộc đối tượng không chịu thuế nên không được khấu trừ, không được hoàn thuế GTGT đầu vào, dẫn đến doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi bị tăng chi phí, tăng giá bán, qua đó ảnh hưởng đến người chăn nuôi. Điều này chưa bảo đảm công bằng và có thể làm giảm khả năng cạnh tranh với sản phẩm nhập khẩu (vốn cũng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT).
Ngoài ra, quy định người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế đã dẫn đến thực tế nhiều doanh nghiệp xuất khẩu bị chậm hoàn thuế, do phải chờ xác minh nghĩa vụ thuế của người bán, gây khó khăn và rủi ro cho doanh nghiệp.
Đề xuất sửa đổi 3 vấn đề
Trước các phản ánh của doanh nghiệp và trong bối cảnh mưa bão, lũ lụt tiếp tục diễn biến phức tạp, ảnh hưởng nặng nề đến kinh tế - xã hội, đặc biệt trong lĩnh vực nông nghiệp và chăn nuôi, Bộ Tài chính đánh giá đây là vấn đề cấp bách cần sửa đổi, bổ sung kịp thời trong Luật Thuế GTGT.
Dự thảo luật lần này đưa trở lại quy định không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường mua bán ở khâu thương mại.
Theo đó, doanh nghiệp không phải trả thuế GTGT 5% đầu vào đối với hàng hóa là các sản phẩm nông nghiệp mua bán ở khâu thương mại, khắc phục tình trạng số thuế GTGT thu rồi lại hoàn thuế cho những mặt hàng mà phần lớn sản lượng sản xuất ra được dành để xuất khẩu, giúp giảm áp lực tài chính và tăng hiệu quả kinh doanh cho doanh nghiệp.
Dự thảo cũng sửa đổi quy định về chính sách thuế GTGT áp dụng đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành... sử dụng làm thức ăn chăn nuôi để thống nhất với quy định về thức ăn chăn nuôi.
Bộ Tài chính cho rằng, với việc sửa đổi quy định trên, cơ sở sản xuất kinh doanh thức ăn chăn nuôi không phải trả thuế GTGT 5%, qua đó doanh nghiệp giảm chi phí sản xuất và tăng khả năng cạnh tranh với hàng nhập khẩu.
Dự thảo cũng bỏ quy định điều kiện hoàn thuế GTGT là người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế. Từ đó, giúp rút ngắn thời gian hoàn thuế; cơ sở xuất khẩu được hoàn thuế theo quy định mà không phải chờ xác minh việc kê khai, nộp thuế của bên bán.
