Là công trình quan trọng quốc gia, đến nay, qua 18 năm thực hiện, dự án đường Hồ Chí Minh vẫn chưa hoàn thành, với lý do có nhiều dự án quan trọng quốc gia được thực hiện trong cùng một thời điểm nên nguồn lực đầu tư hạn hẹp, khó khăn trong việc phân bổ, cân đối nguồn vốn cho dự án. Trong khi đó, đây được xác định là con đường chiến lược về quốc phòng - an ninh, phát triển kinh tế phía Tây và có giá trị truyền thống lịch sử.
Kết quả này cho chưa có sự tập trung cao độ trong thực hiện, cũng như chưa quyết liệt trong chỉ đạo, điều hành, nhất là liên quan đến việc cân đối, bố trí nguồn lực. Đồng thời, việc dự báo, đánh giá về tiến độ, thời gian; bố trí, cân đối nguồn vốn chưa sát với thực tế.
