Theo cáo trạng, dự án khu dân cư (KDC) Phước Kiển có diện tích 32 ha. Tháng 8/2016, Công ty Cổ phần Quốc Cường Gia Lai (Công ty Quốc Cường Gia Lai) có văn bản số 088 đề nghị hợp tác đầu tư với tỷ lệ 75:25 hoặc xin nhận chuyển nhượng 100% dự án KDC Phước Kiển. Căn cứ nội dung công văn này, ông Trần Công Thiện (bị can, cựu thành viên HĐTV kiêm Tổng Giám đốc) chỉ đạo Nguyễn Xuân Tùng (bị can, là Trưởng phòng Kinh tế Tổng hợp) thuê Công ty TNHH Kiểm toán & Dịch vụ tin học TPHCM thẩm định và đã ban hành Chứng thư thẩm định giá số 04.
Công ty Tân Thuận sau đó chỉ căn cứ duy nhất vào giá trong Chứng thư thẩm định giá này để thống nhất đơn giá hợp tác với Công ty Quốc Cường Gia Lai là 1.950.000đ/m2, theo tỷ lệ 30%-70%. Ngày 5/6/2017, ông Trần Công Thiện, đại diện Công ty Tân Thuận ký hợp đồng số 203, sau đó tiếp tục ký 3 phụ lục hợp đồng kèm theo, chuyển nhượng quyền sử dụng diện tích 324.970,6m đất trị giá 419 tỷ đồng cho Công ty Quốc Cường Gia Lai (do bà Nguyễn Thị Như Loan làm đại diện) với giá 1.290.000đ/m2. Cáo trạng nêu, việc chuyển nhượng này đã gây thất thoát tài sản của Nhà nước số tiền 202 tỷ đồng.
Tại dự án KDC Ven Sông, năm 2008, Công ty Tân Thuận ký hợp đồng số 22 với Công ty Hoàng Anh Gia Lai, theo tỉ lệ 55:45 để đầu tư xây dựng dự án Khu cao ốc căn hộ - thương mại. Đến năm 2012, Công ty Hoàng Anh Gia Lai chuyển nhượng 45% vốn góp này cho công ty con là Công ty Cổ phần Xây dựng và Phát triển nhà Hoàng Anh (Công ty Hoàng Anh). Cuối năm 2015, Công ty Hoàng Anh chuyển nhượng 45% vốn góp này cho Công ty Quốc Cường Gia Lai.
Ngày 15/12/2015, Công ty Quốc Cường Gia Lai có Văn bản số 15 đề nghị Công ty Tân Thuận chuẩn bị tài sản thế chấp để vay vốn đầu tư triển khai dự án hoặc chuyển nhượng tiếp cho Công ty Quốc Cường Gia Lai 55% vốn góp của Công ty Tân Thuận theo Hợp đồng hợp tác kinh doanh số 22 để Công ty Quốc Cường Gia Lai triển khai dự án.
Ngày 23/11/2017, UBND TPHCM ban hành Quyết định số 6171 chấp thuận chủ trương cho chuyển nhượng một phần dự án tại KDC Ven Sông. Đến ngày 28/11/2017, Công ty Tân Thuận ký Hợp đồng số 271 với Công ty Quốc Cường Gia Lai, với giá chuyển nhượng là 20.000.000 đồng/m2. “Phi vụ” chuyển nhượng kết thúc, Nhà nước thiệt hại 532 tỷ đồng.
Cáo trạng cũng nêu, vụ án có liên quan đến lĩnh vực đất đai, ngày 19/4/2022, Cơ quan ANĐT trưng cầu giám định Bộ Tài nguyên - Môi trường, giám định việc chấp hành các quy định pháp luật trong việc thực hiện chuyển nhượng một phần dự án KDC Ven Sông và Phước Kiển, đến nay chưa có kết quả. Do cần có thời gian để tiếp tục điều tra, làm rõ trách nhiệm của các cá nhân thuộc UBND TPHCM trong việc ban hành Quyết định 6171 và trách nhiệm của Công ty Quốc Cường Gia Lai trong việc nhận chuyển nhượng các dự án, nên Cơ quan ANĐT đã quyết định tách hành vi và tài liệu liên quan trong vụ án để tiếp tục điều tra, làm rõ. Cơ quan điều tra đã tách để tiếp tục điều tra, làm rõ hành vi của bà Nguyễn Thị Như Loan và Công ty Quốc Cường Gia Lai.
