Các trường THPT chuyên trên toàn quốc có điểm trung bình môn Toán dao động khá đồng đều, tập trung chủ yếu trong khoảng từ 8.0 đến 8.6 điểm. Trong khi đó, Trường THPT Chuyên Tuyên Quang có mức điểm trung bình môn Toán cao vượt trội 9,60, dẫn đầu, vượt xa tất cả các trường chuyên khác.
Đáng chú ý, mức điểm này của trường chuyên Tuyên Quang cao hơn 1,09 điểm so với Trường THPT Chuyên Khoa học Tự nhiên (8,51). Với thang điểm 10, đây là khoảng cách rất lớn giữa hai trường chuyên. Đặc biệt, Khoa học tự nhiên là ngôi trường nổi tiếng, có thế mạnh về các môn nhóm Khoa học tự nhiên.
