Theo quyết định, đoàn đàm phán có nhiệm vụ giúp Thủ tướng trong việc xây dựng các chủ trương, chiến lược, kế hoạch, phương án đàm phán tổng thể tham gia các điều ước quốc tế, thoả thuận quốc tế về kinh tế và thương mại của Việt Nam; đề xuất mục tiêu, quan điểm và lộ trình đàm phán với các đối tác theo các hình thức linh hoạt, phù hợp.
Đoàn đàm phán có nhiệm vụ cũng có nhiệm vụ xây dựng phương án đàm phán, tổ chức thực hiện đàm phán và triển khai kết quả đàm phán ở các cấp độ, phạm vi khác nhau trên cơ sở phương án tổng thể và kết quả đàm phán sau khi đã được Thủ tướng và cấp có thẩm quyền phê duyệt.
