Thông tư 90 sửa đổi, bổ sung làm rõ đối tượng đăng ký thuế là tổ chức nước ngoài và cá nhân không cư trú có hoạt động kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử (TMĐT). Cụ thể, bổ sung quy định đối với tổ chức nước ngoài có phát sinh doanh thu tại Việt Nam thông qua hoạt động kinh doanh trên nền tảng TMĐT theo quy định tại khoản 1 Điều 40 Nghị định số 252/2026 (nhà cung cấp nước ngoài); cá nhân không cư trú có hoạt động kinh doanh trên nền tảng TMĐT không có chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán theo quy định tại Điều 42 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP.
Bên cạnh đó, Thông tư sửa đổi, bổ sung làm rõ các trường hợp doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân khấu trừ và nộp thay số thuế đã khấu trừ của người nộp thuế (NNT) khác. Cụ thể, doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân khấu trừ và nộp thay thuế cho nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài; tổ chức kinh doanh tại Việt Nam áp dụng phương pháp khấu trừ thuế thực hiện khấu trừ và nộp thay thuế cho nhà cung cấp nước ngoài. Chủ quản nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác ở trong nước có chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán khấu trừ và nộp thay thuế cho nhà cung cấp nước ngoài, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh. Doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân khấu trừ và nộp thay thuế cho cá nhân có hợp đồng hoặc văn bản hợp tác kinh doanh.
