Nhiều đại biểu (ĐB) đánh giá cao kết quả đạt được từ việc triển khai mô hình chính quyền địa phương 2 cấp, nhưng cũng còn nhiều hạn chế cần sớm khắc phục. Theo ĐB Dương Văn Phước (đoàn TP.Đà Nẵng), dù Chính phủ và các bộ, ngành đã nỗ lực ban hành các cơ chế, chính sách, hướng dẫn, song nhiều văn bản còn chưa kịp thời, chồng chéo, nhất là những vấn đề liên quan đến phân cấp thu, chi ngân sách, phân cấp quản lý đầu tư xây dựng. Do đó, chính quyền cấp xã "hiện nay còn rất lúng túng".
Cạnh đó là tình trạng bố trí cán bộ chưa đồng bộ. Ví dụ phòng kinh tế và phòng văn hóa chỉ có 5 - 6 biên chế, nhiều người không có chuyên môn nhưng phải gánh vác công việc của 4 phòng chuyên môn cấp huyện trước đây. Một số xã thừa cán bộ; ngược lại nhiều xã thiếu nghiêm trọng, nhất là khu vực miền núi, biên giới, hải đảo, có nơi thiếu từ 7 - 14 người, rất khó thực hiện nhiệm vụ được giao.
