Thuế TP.HCM cho hay, qua theo dõi dữ liệu tại cơ quan thuế cho thấy vẫn còn một số doanh nghiệp đã khấu trừ, kê khai thuế TNCN thay cho cá nhân nhưng chưa nộp vào ngân sách nhà nước. Vì vậy, cơ quan thuế khuyến cáo các tổ chức trả thu nhập nộp đầy đủ tiền thuế TNCN đã khấu trừ của các cá nhân vào ngân sách nhà nước theo quy định và không để ảnh hưởng đến quyền lợi của cá nhân, người lao động trong quá trình thực hiện quyết toán thuế, hoàn thuế tự động. Trường hợp đơn vị chi trả thu nhập đã khấu trừ thuế mà chưa thực hiện nộp ngân sách thì ngoài bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định, còn bị tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày trên số tiền chậm nộp. Trường hợp có dấu hiệu cố ý chiếm dụng, trốn thuế với số tiền lớn có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự.
Cơ quan thuế cũng nêu ra một số nguyên nhân dẫn đến hồ sơ hoàn thuế TNCN tự động chưa được hoàn. Nguyên nhân đến từ doanh nghiệp chưa nộp số tiền này vào ngân sách nhà nước; hay nộp chậm tờ khai, dẫn đến tăng thu nhập, giảm số thuế được hoàn tự động; do doanh nghiệp kê khai số thuế TNCN đã khấu trừ chênh lệch giữa trong năm và tờ khai quyết toán thuế TNCN. Ngoài ra, một số nguyên nhân khác đến từ người nộp thuế như hồ sơ đề nghị hoàn do người nộp thuế gửi tới cơ quan thuế không phát sinh từ tờ khai gợi ý, chiếm tỷ lệ 26% so với tổng hồ sơ đề nghị hoàn dẫn đến cơ quan thuế phải xử lý thủ công mất nhiều thời gian. Người nộp thuế sử dụng tài khoản ngân hàng của cá nhân không tồn tại (tài khoản ảo), sử dụng tài khoản của người khác để nhận tiền hoàn thuế TNCN. Đồng thời, người nộp thuế điều chỉnh thông tin người phụ thuộc, điều chỉnh số được giảm trừ gia cảnh, hoặc sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN không đúng mẫu quy định, chứng từ khấu trừ của người khác... để đính kèm cùng hồ sơ quyết toán và đề nghị hoàn.
