Vẫn "nóng" hoàn thuế cho doanh nghiệp

Ngày 13-12, Bộ Tài chính phối hợp với Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) phối hợp tổ chức hội nghị đối thoại về chính sách, thủ tục hành chính thuế và hải quan năm 2024 ở TP HCM. Khoảng 450 doanh nghiệp (DN) được mời tham dự nhưng số lượng thực tế đông hơn rất nhiều. Hàng loạt vấn đề "nóng" được DN nêu ra nhưng số câu hỏi được giải đáp lại khá khiêm tốn.

2 năm chưa được hoàn thuế

Ông Tô Vĩnh Hưng, Phó tổng giám đốc Công ty TNHH MTV Thép Miền Nam (VNSTEEL) trụ sở tại Bà Rịa - Vũng Tàu, phản ánh công ty gặp vướng mắc trong việc hoàn thuế gần 200 tỉ đồng tại Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu từ tháng 8-2022. Nguyên nhân chính là nguyên liệu đầu vào của công ty là phế liệu, thuộc diện rủi ro nên bị kiểm tra trước khi hoàn thuế.

Tại thời điểm công ty phát sinh hoạt động mua bán phế liệu, tất cả các hồ sơ, thủ tục của công ty đều đúng theo quy định hoàn thuế, giải trình được hoạt động phát sinh cũng như công ty kiểm tra hóa đơn đầu vào của các đơn vị cung cấp đều đang hoạt động. Nhưng đến thời điểm hoàn thuế, cục thuế địa phương kiểm tra mới phát hiện các DN đầu vào ngưng hoạt động và đang chờ làm thủ tục phá sản, giải thể. Điều này dẫn đến nghi ngờ về tính hợp pháp của hóa đơn. "Cục thuế nói không xác minh được, không liên hệ để xác minh được những đơn vị cung cấp cho công ty chúng tôi, dẫn tới các hóa đơn đầu vào này số tiền rất lớn nhưng vẫn bị treo lại, không giải quyết hoàn" - ông Hưng than.

Ngoài ra, VNSTEEL cũng đang gặp thêm một vướng mắc khác khiến gần 100 tỉ đồng bị đọng vốn do không được hoàn thuế. Trường hợp này liên quan đến hóa đơn đầu vào từ hoạt động thương mại, trong đó công ty mua thép từ các nhà sản xuất với doanh thu hóa đơn trên 150 tỉ đồng/tháng. Mặc dù các đối tác vẫn hoạt động bình thường và hóa đơn được phát sinh đúng quy trình nhưng Cục Thuế TP HCM lại xác định hóa đơn của đối tác liên quan đến hành vi mua bán hóa đơn bất hợp pháp và đang chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra. Việc này khiến Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu tạm dừng việc hoàn thuế.

Ông Tô Vĩnh Hưng, Phó Tổng Giám đốc VNSTEEL, cho rằng công ty hoạt động và nộp thuế đầy đủ nhưng bị chậm hoàn thuế do vấn đề của đối tác là không hợp lý. Ông kiến nghị Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế xem xét lại quy trình hoàn thuế, bảo đảm nguyên tắc "DN nào sai thì xử lý DN đó". Việc đối tác vi phạm không nên ảnh hưởng đến quyền lợi của DN hoạt động đúng quy định.

Đại diện hãng hàng không Bamboo Airways phản ánh khó khăn về thực hiện hóa đơn điện tử. Cụ thể, Bamboo Airways mỗi ngày xuất ít nhất 300 hóa đơn, thậm chí có ngày lên 600 hóa đơn. Nhưng trên hệ thống hóa đơn điện tử việc kiểm tra dữ liệu của hóa đơn lại không hiển thị toàn bộ. Nếu kiểm tra từng hóa đơn vẫn có, như vậy sẽ ảnh hưởng đến việc đối chiếu dữ liệu giữa DN và cơ quan thuế. Hãng bay này đề xuất cần có giải pháp cho trường hợp này.

Trao đổi với báo chí bên lề hội nghị, ông Phan Hoàng Vũ, Giám đốc Công ty VUK, cho biết việc hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ thời gian qua gặp khó khăn bởi DN khó xác định được đối tác chỉ định ở nước ngoài có hiện diện ở Việt Nam hay không. Để xác định được điều này, DN cần phải kiểm tra luôn việc đầu tư của thương nhân nước ngoài tại Việt Nam, việc này vượt khả năng của DN. "Khi mua bán, đối tác nước ngoài cam kết không hiện diện tại Việt Nam nhưng khi cơ quan quản lý thanh tra, kiểm tra phát hiện đối tác có góp vốn hoặc có cổ phần tại Việt Nam, dẫn đến DN không được hoàn thuế" - ông Vũ nêu.

Sẽ tiếp tục gỡ khó

Lắng nghe và ghi nhận các kiến nghị của DN, Thứ trưởng Bộ Tài chính Cao Anh Tuấn cho biết đây là hội nghị đối thoại định kỳ, được tổ chức hằng năm nhằm nắm bắt vướng mắc, khó khăn trong quá trình thực hiện chính sách, thủ tục thuế, hải quan của DN. Từ đó có phương án xử lý một cách kịp thời, nhanh chóng.

Về trường hợp của VNSTEEL, ông Mai Sơn, Phó Tổng Cục trưởng Tổng cục Thuế, cho biết do tình trạng mua bán hóa đơn bất hợp pháp đang diễn ra phức tạp, nhiều DN được lập ra chỉ để trục lợi từ hành vi này. Cơ quan thuế đã xây dựng cơ sở dữ liệu để kiểm tra và phối hợp với các cơ quan chức năng. Tuy nhiên, trong những trường hợp nghi ngờ vi phạm, cơ quan thuế chỉ có thẩm quyền xác minh và chờ kết luận từ các cơ quan điều tra như công an. Việc Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu tạm ngừng hoàn thuế để chờ xác minh là phù hợp với quy định.

Ông Mai Sơn giải thích trường hợp của VNSTEEL, số thuế đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được phân bổ dựa trên tỉ lệ doanh thu xuất khẩu so với tổng doanh thu bán ra. Nếu loại trừ phần đang bị điều tra mà số thuế đầu vào còn lại (sau khi phân bổ) vượt 300 triệu đồng, DN vẫn đủ điều kiện được hoàn thuế. Ông đề nghị Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu cần tích cực phối hợp với VNSTEEL để giải quyết vướng mắc một cách kịp thời, bảo đảm quyền lợi của DN.

Liên quan đến những vướng mắc về hóa đơn điện tử, hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ, ông Âu Anh Tuấn, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan, cho biết Tổng cục Hải quan đang phối hợp với các bộ ngành đánh giá tác động để báo cáo trình Chính phủ sửa đổi quy định hiện hành theo hướng đúng bản chất giao dịch của DN. Đồng thời, phối hợp các cơ quan liên quan sửa đổi bổ sung chính sách thuế để không ảnh hưởng hoạt động bình thường của DN, nhất là môi trường thu hút đầu tư nước ngoài. "Vướng mắc về thuế, Tổng cục Hải quan đang phối hợp với Tổng cục Thuế để gỡ khó cho hồ sơ hoàn thuế. Nếu DN xuất trình đầy đủ giấy tờ hồ sơ theo quy định sẽ được hoàn thuế. Nếu hồ sơ không đáp ứng đủ việc DN có hiện diện tại Việt Nam, cơ quan thuế sẽ không xử lý thuế tiếp theo trong hoàn thuế đối với xuất nhập khẩu tại chỗ" - ông Âu Anh Tuấn nói.

Thứ trưởng Bộ Tài chính Cao Anh Tuấn nhìn nhận trong quá trình xây dựng các quy định về thuế sắp tới sẽ rà soát để cải thiện thủ tục hành chính. Dù vậy, có nhiều nội dung qua đối thoại DN phản ánh nhưng Bộ Tài chính, các bộ ngành và Chính phủ chưa thể điều chỉnh được mà phải chờ sửa luật.