Trẻ mắc tay chân miệng do virus EV71 có thể gặp biến chứng thần kinh như viêm màng não, viêm thân não, rối loạn tim mạch, hô hấp. Sau bệnh, một số trẻ có di chứng teo cơ, yếu chi, phải thở máy kéo dài.
Một nghiên cứu đăng trên Thư viện Y khoa Quốc gia Mỹ, dựa trên dữ liệu của 142 trẻ từng nhiễm chủng Enterovirus 71 (EV71) kèm theo tổn thương hệ thần kinh trung ương. Kết quả cho thấy có 5% trẻ bị tổn thương hệ thần kinh trung ương nặng có biểu hiện di chứng chậm phát triển thần kinh. Những trẻ kèm suy tim phổi có tỷ lệ mắc di chứng này cao hơn, lên tới 75% và 64% bệnh nhân bị yếu và teo chi, 61% cần nuôi ăn qua ống và 57% hỗ trợ thở máy. Tuy vậy, không phải mọi ca tay chân miệng nặng đều dẫn đến di chứng thần kinh.
