Theo Cục Đường bộ Việt Nam , đối với các phương tiện không có thông tin đầu vào trên hệ thống, giao dịch thu phí một lần (OTC) sẽ được tạo tại các làn thu phí đầu ra, thuộc cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây. Trường hợp phương tiện đã có thông tin đầu vào nhưng sau khoảng 3 giờ (hoặc tùy điều kiện thực tế) chưa ghi nhận dữ liệu đầu ra, hệ thống sẽ tự động tính và thu phí với điểm ra được xác định tại nút giao kết nối cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu.
Để bảo đảm an toàn và lưu thông thông suốt, Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) được giao nhiệm vụ tổ chức hướng dẫn giao thông, bố trí làn thu phí đầu ra riêng biệt cho xe từ cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu nhập vào cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây .
