Theo Nghị định, Chính phủ thành lập Quỹ nhà ở trung ương trực thuộc Bộ Xây dựng và giao Bộ Xây dựng trực tiếp quản lý. Ở cấp địa phương, UBND các tỉnh, thành phố sẽ thành lập và quản lý Quỹ nhà ở địa phương để triển khai hoạt động phát triển nhà ở xã hội theo phân cấp.
Về cơ chế tài chính, các quỹ được quản lý theo quy định của Nghị định 302/2025/NĐ-CP và quy định pháp luật áp dụng đối với đơn vị sự nghiệp công lập. UBND cấp tỉnh quyết định việc thành lập mới quỹ, tổ chức lại quỹ tài chính hiện có hoặc giao cho quỹ tài chính do tỉnh quản lý thực hiện nhiệm vụ của Quỹ nhà ở địa phương, nhưng phải bảo đảm phù hợp với Nghị quyết 201/2025/QH15 và Nghị định này.
