Sinh ra tại Nghệ An, Khánh Vy sớm bộc lộ năng khiếu ngoại ngữ. Từ năm lớp 3, cô đã được gia đình cho học tiếng Anh và khuyến khích tìm hiểu thêm những ngôn ngữ khác. Năm 2014, cô thi đỗ vào lớp chuyên Anh, Trường THPT chuyên Phan Bội Châu.
Hai năm sau, Khánh Vy đạt 28,03 điểm trong kỳ thi THPT Quốc gia, đủ điều kiện xét tuyển vào nhiều trường đại học như Ngoại thương, Học viện Ngoại giao, Học viện Báo chí và Tuyên truyền, Đại học FPT. Cô cũng nhận được học bổng toàn phần trị giá 170 triệu đồng của Đại học FPT, nhưng cuối cùng lựa chọn theo học ngành Quan hệ Quốc tế tại Học viện Ngoại giao.
