Theo thông báo kết luận của Phó Chủ tịch UBND TP.HCM Bùi Xuân Cường tại cuộc họp nghe báo cáo về phương án tuyến công trình, vị trí theo tuyến của dự án đường sắt Bến Thành - Cần Giờ, Thành phố yêu cầu phương án tuyến phải đảm bảo quy chuẩn, tiêu chuẩn áp dụng cho dự án. Đồng thời hạn chế tối đa việc bồi thường, giải phóng mặt bằng và tái định cư.
Bên cạnh đó, việc bố trí tuyến phải đảm bảo khoảng cách an toàn và giảm ảnh hưởng đến các công trình hiện hữu, cũng như các dự án dự kiến triển khai trong thời gian tới. Trong đó có các khu vực quan trọng như không gian ngầm Công viên 23/9, khu vực Nhà Rồng - Khánh Hội, cùng các cầu và tuyến đường hiện hữu.
