Cụ thể phương án 1, Bộ Giao thông Vận tải và nhà đầu tư sẽ thực hiện theo đúng hợp đồng đã ký, đó là thu phí tại trạm quốc lộ 3 và trên đường Thái Nguyên - Chợ Mới để hoàn vốn.
Với phương án trên, thời gian thu phí dự án này tăng từ 25 năm 4 tháng lên khoảng 32 năm 4 tháng; lùi thu phí trên Quốc lộ 3 từ tháng 7/2019 sang dự kiến cuối năm 2022.
Phương án 2, nhà đầu tư chỉ thu phí trên đường Thái Nguyên - Chợ Mới. Doanh nghiệp dự án bàn giao Quốc lộ 3 đoạn km75 đến km100 cho nhà nước quản lý. Tuy nhiên, phương án này nhà nước phải hỗ trợ nhà đầu tư khoảng 3.050 tỷ đồng để đảm bảo hiệu quả tài chính.
Phương án 3 di dời trạm thu phí Quốc lộ 3 từ vị trí hiện tại về đặt trên phạm vi đầu tư nâng cấp, cải tạo (đoạn km 93-km100). Phương án này nhà nước cần hỗ trợ khoảng 2.550 tỷ đồng.
Phương án 4, nhà nước thanh toán toàn bộ cho nhà đầu tư 3.250 tỷ đồng vốn đã bỏ ra đầu tư để chấm dứt hợp đồng trước thời hạn.
Theo đánh giá của Bộ Giao thông Vận tải, phương án 2, 3, 4 giải quyết triệt để bất cập tại trạm Quốc lộ 3 nhưng rất khó khả thi do sử dụng nhiều vốn ngân sách nhà nước. Tuy vậy, phương án 4 nhận được sự đồng thuận của người dân, song pháp luật hiện tại chưa cho phép sử dụng vốn đầu tư công trung hạn để thanh toán cho nhà đầu tư. Vì vậy phải báo cáo Quốc hội xem xét, quyết định.
Trước đó, Bộ Giao thông Vận tải nhiều lần báo cáo Quốc hội và đề xuất nhà nước bố trí vốn để thực hiện việc mua lại các trạm gồm: Bỉm Sơn trên Quốc lộ 1, tỉnh Thanh Hóa; Bờ Đậu trên quốc lộ 3, tỉnh Thái Nguyên; La Sơn - Túy Loan trên cao tốc Bắc - Nam đoạn La Sơn - Túy Loan, tỉnh Thừa Thiên - Huế; T2 trên Quốc lộ 91, thành phố Cần Thơ. Tuy nhiên hiện nay Quốc hội chưa đưa ra quyết định.
Đại diện liên danh nhà đầu tư Công ty cổ phần Tập đoàn Cienco 4 cho biết do không được thu phí nên doanh nghiệp đang chịu áp lực lớn từ việc phải trả lãi vay ngân hàng, bình quân mỗi tháng phải trả khoảng 16 tỷ đồng.
Dự án BOT Thái Nguyên - Chợ Mới bao gồm hai dự án thành phần là đầu tư mới tuyến đường từ Thái Nguyên đi Bắc Kạn dài 40 km theo tiêu chuẩn cao tốc và nâng cấp, cải tạo mặt đường Quốc lộ 3 qua Thái Nguyên dài 60 km.
Hơn hai năm sau khi dự án hoàn thành, trạm thu phí trên Quốc lộ 3 vẫn chưa thể hoạt động do một số đơn vị kinh doanh vận tải trên địa bàn phản đối. Hiện dự án mới được thu phí tại 1 trạm trên đường Thái Nguyên đi Chợ Mới (Bắc Kạn).
